Misją Fundacji Inicjatyw Społeczno-Ekonomicznych jest działanie w sposób systemowy na rzecz wzrostu zatrudnienia. Fundacja stara się tak wpływać na zmiany systemu społeczno-ekonomicznego, aby był on coraz bardziej elastyczny, otwarty na współpracę i efektywny. Uważa, że nie jest to możliwe bez włączania obywateli w tworzenie i realizację zadań publicznych.